Theo giải trình của QCG, nguyên nhân của sự chênh lệch lợi nhuận trước và sau kiểm toán là do chi phí quản lý doanh nghiệp, chi phí khác và giá vốn tăng. Cụ thể, QCG đã phải hạch toán lại chi phí thuế năm 2016, 2018 vào kỳ năm 2019 để tránh ý kiến loại trừ của kiểm toán, tăng trích lập dự phòng công nợ phải thu khó đòi và hạch toán thiếu bút toán khi thoái vốn.
Đặc biệt, phần lợi nhuận sau thuế của cổ đông không kiểm soát giảm đến 164%, xuống còn âm 475 triệu đồng.
Ngoài ra, kiểm toán viên đã nêu ra ý kiến ngoại trừ liên quan đến việc không thể xác định được chi phí lãi vay phải trả cho BIDV - Chi nhánh Quang Trung tại ngày 31/12/2019 (QCG phải chịu nghĩa vụ phải trả này khi sáp nhập với SGX). Khoản chi phí lãi vay lên tới 45 tỷ đồng này đã quá hạn thanh toán, QCG đang xin BIDV giảm lãi từ 18 - 20%/năm xuống còn 9 - 10%/năm. Tuy nhiên, BIDV vẫn đang xem xét giải quyết.
Bên cạnh đó, kiểm toán còn chỉ ra BCTC của QCG đang ghi nhận 47,6 tỷ đồng quyền sử dụng đất nhưng không thuộc quyền sở hữu của doanh nghiệp này. Thông tin từ phía QCG cho biết, quyền sử dụng đất này là tài sản góp vốn của bà Nguyễn Thị Như Loan vào QCG nhưng chưa được sang tên vì là tài sản đảm bảo để thế chấp vay vốn tại Vietcombank - Chi nhánh Gia Lai.
Ngày 6/4/2020, QCG đã xin Ủy ban chứng khoán Nhà nước (UBCKNN), Sở giao dịch chứng khoán TPHCM (HOSE) gia hạn thời gian nộp BCTC được kiểm toán năm 2019. Theo đó, thời gian chậm nhất để QCG nộp BCTC đã được kiểm toán năm 2019 là 30/4/2020. Tuy nhiên, phải đến 18/6/2020, QCG mới công bố BCTC 2019 có kiểm toán sau 2 lần bị HOSE nhắc nhở.
Theo lãnh đạo một công ty kiểm toán, những công ty niêm yết chậm nộp BCTC sẽ bị các sở giao dịch chứng khoán nhắc nhở, phạt hành chính thậm chí hủy niêm yết. Tuy nhiên, UBCKNN và các sở giao dịch đến nay vẫn chưa có chế tài xử lý và khắc phục đối với những trường hợp làm chênh lệch số liệu trong BCTC trước và sau khi kiểm toán, mà chỉ yêu cầu doanh nghiệp giải trình, thậm chí việc giải trình qua loa cho xong vẫn được chấp nhận.