Theo kế hoạch, chi phí triển khai đồ án trên trong giai đoạn 2020 - 2025 khoảng 28.911 tỷ đồng. Kinh phí này được lấy từ nhiều nguồn như vốn ngân sách, ODA, tín dụng đầu tư, tài trợ, từ doanh nghiệp, từ các thành phần kinh tế khác…
Kế hoạch dành 14.500 tỷ đồng để chuyển đổi công nghệ xử lý chất thải rắn, trong đó dành 9.500 tỷ đồng để chuyển đổi công nghệ hai nhà máy hiện hữu và 5.000 tỷ đồng đầu tư xây dựng nhà máy mới công suất 2.000 tấn/ngày.
Chi phí cho đầu tư xây dựng hoàn thiện hạ tầng kỹ thuật các khu xử lý chất thải rắn tập trung ở Tây Bắc, Đa Phước và Khu công nghệ môi trường xanh - Long An là 3.300 tỷ đồng.
Chi phí hoàn thiện cơ cấu tổ chức, bộ máy nhân sự và nguồn lực tài chính cho công tác quản lý, kiểm tra, giám sát hoạt động phân loại rác tại nguồn, thu gom, vận chuyển, trung chuyển và xử lý chất thải rắn từ thành phố đến các quận, huyện là 1.250 tỷ đồng cho 5 năm…
Quy hoạch xử lý chất thải rắn của TPHCM đặt mục tiêu đến năm 2025 đạt các chỉ tiêu: 80% hộ gia đình thực hiện phân loại CTR tại nguồn; 100% tổng lượng CTR sinh hoạt đô thị phát sinh được thu gom và xử lý, trong đó tối thiểu 80% tổng lượng CTR sinh hoạt được thu hồi, tái chế, làm phân compost và đốt thu hồi năng lượng; 100% tổng lượng CTR công nghiệp nguy hại và không nguy hại phát sinh được thu gom và xử lý; 100% lượng CTR y tế không nguy hại và nguy hại phát sinh tại các cơ sở y tế, bệnh viện được phân loại tại nguồn, thu gom và xử lý; 90% tổng lượng CTR xây dựng phát sinh được thu gom xử lý, trong đó 60% được thu hồi tái sử dụng hoặc tái chế; 100% bùn bể phốt, bùn thải của hệ thống cấp nước và thoát nước, bùn phát sinh từ các hệ thống xử lý nước thải sản xuất, bùn nạo vét kênh rạch được thu gom và xử lý đảm bảo vệ sinh môi trường. Những kết quả đạt được trong giai đoạn này sẽ là tiền đề để thành phố tiếp tục phấn đấu cho những mục tiêu tiếp theo.