Nguyên nhân là do Khu liên hợp thể thao quốc gia Mỹ Đình đã có vi phạm hành chính, khai sai dẫn đến thiếu số tiền thuế phải nộp, nhưng người nộp thuế đã ghi chép kịp thời, đầy đủ các nghiệp vụ kinh tế làm phát sinh nghĩa vụ thuế trên sổ kế toán, hóa đơn, chứng từ.
Khu liên hợp thể thao quốc gia Mỹ Đình phải nộp đủ số tiền gần 24 tỷ đồng vào tài khoản kho bạc nhà nước của Cục Thuế Hà Nội. Nếu quá thời hạn mà không nộp sẽ bị cưỡng chế thi hành theo quy định pháp luật.
Nhiều sai phạm xảy ra tại Khu liên hợp thể thao quốc gia Mỹ Đình đã được Thanh tra Chính phủ phát hiện.
Việc xử phạt trên được căn cứ theo nội dung Kết luận thanh tra số 106/KL-TTCP của Thanh tra Chính phủ thanh tra toàn diện việc chấp hành quy định của pháp luật đối với công tác quản lý, sử dụng đất đai, tài sản công tại Khu liên hợp thể thao quốc gia Mỹ Đình.
Trước đó, Thanh tra Chính phủ cũng có kết luận Khu liên hợp thể thao quốc gia Mỹ Đình đang nợ ngân sách Nhà nước hơn 650 tỷ đồng tiền thuê đất từ nhiều năm nay.
Khu Liên hợp Thể thao quốc gia Mỹ Đình là đơn vị sự nghiệp công lập tự chủ tài chính, đã sử dụng một phần diện tích cho thuê, liên doanh, liên kết, nên phải nộp tiền thuê đất.
Thanh tra Chính phủ cũng kết luận và kiến nghị thu tiền thuê đất và tiền chậm nộp đối với việc cho thuê, liên doanh, liên kết trong giai đoạn từ năm 2009 - 2018 (số tiền 658 tỷ đồng).
Từ năm 2017, Cục thuế Hà Nội đã phối hợp với các đơn vị liên quan xác định nghĩa vụ tài chính và ban hành thông báo thu, truy thu tiền thuê đất đối với Khu Liên hợp Thể thao quốc gia Mỹ Đình.
Ngay khi có kết luận thanh tra, Cục Thuế TP Hà Nội đã có văn bản tham mưu UBND TP Hà Nội chỉ đạo các sở, ngành tiếp tục phối hợp với cơ quan Thuế trong việc đôn đốc Khu Liên hợp thể thao quốc gia Mỹ Đình nộp tiền thuê đất còn nợ đọng theo thông báo truy thu, thông báo nộp của cơ quan Thuế.
Tới nay, cơ quan thuế đã thu được trên 35 tỷ đồng tiền thuê đất với Khu Liên hợp Thể thao quốc gia Mỹ Đình. Theo quy định, sau 90 ngày thông báo, nếu người nộp thuế nộp chậm tiền, cơ quan thuế sẽ áp dụng biện pháp cưỡng chế để thu hồi tiền thuế.
Do đó, Cục thuế Hà Nội đã ban hành các quyết định cưỡng chế bằng hình thức phong toả tài khoản và thông báo hoá đơn không có giá trị sử dụng đối với Khu Liên hợp Thể thao quốc gia Mỹ Đình.