Tối 5/1, thông tin từ Cục Hàng không Việt Nam cho biết, chuyến bay VN5311 từ Narita về Hà Nội khởi hành lúc 10h30 (giờ địa phương) gồm 12 tiếp viên, 3 phi công và 47 hành khách.
Khoảng 11h10 (giờ địa phương), chi nhánh Vietnam Airlines tại Nhật Bản nhận được một cuộc điện thoại từ một đối tượng giọng nam giới tự xưng là người Mỹ, nói tiếng Nhật, với nội dung đe dọa: "Chuyến bay VN5311 tốt nhất là quay lại Narita, nếu không sẽ bị bắn hạ khi bay qua Vịnh Tokyo".
Khi nhân viên nhận điện thoại hỏi: "Ông có thể nói lại điều ông vừa nói được không" thì người đàn ông trả lời "Tôi đang chuẩn bị bắn VN5311 khi bay qua Vịnh Tokyo, tốt nhất nên quay lại".
Lúc này, chuyến bay VN5311 đã bay được khoảng 40 phút và chuẩn bị bay qua Vịnh Tokyo. Ngay sau khi nhận cuộc điện thoại đe dọa nêu trên, Chi nhánh Vietnam Airlines tại Nhật Bản đã báo cáo nhanh vụ việc về Tổng Công ty Hàng không Việt Nam.
Tổng Công ty Hàng không Việt Nam đã báo cáo vụ việc cho nhà chức trách Nhật Bản, Cục Hàng không Việt Nam và các cơ quan chức năng của Bộ Công an, đồng thời triệu tập cuộc họp của Ủy ban Khẩn nguy và Tiểu ban chỉ đạo phòng chống khủng bố của Tổng Công ty Hàng không Việt Nam.
Cục Hàng không Việt Nam đã báo cáo Bộ trưởng Bộ Giao thông vận tải, Phó Thủ tướng thường trực Phạm Bình Minh - Chủ tịch Ủy ban An ninh hàng không dân dụng quốc gia trên cơ sở báo cáo của Tổng công ty Hàng không Việt Nam.
Sau khi được sự đồng ý của Phó Thủ tướng thường trực Phạm Bình Minh và Bộ trưởng Bộ Giao thông Vận tải, Cục trưởng Cục Hàng không Việt Nam đã chỉ đạo Vietnam Airlines xin phép nhà chức trách hàng không Nhật Bản chuyển hướng máy bay và hạ cánh xuống sân bay Fukuoka, Nhật Bản.
Vào lúc khoảng 13h02 (giờ địa phương), chuyến bay VN5311 đã hạ cánh an toàn xuống sân bay Fukuoka, Nhật Bản. Nhà chức trách và Cảnh sát sân bay Fukuoka đã lên tàu bay kiểm tra, phỏng vấn tổ bay và hành khách, nhưng không áp dụng các biện pháp an ninh và cho phép tàu bay được đỗ tại sân bay Fukuoka trong khoảng 2 giờ đồng hồ để xem xét, đánh giá thông tin, cũng như sự an toàn của chuyến bay.
Khoảng 14h30 (giờ địa phương), sau khi xác định chuyến bay an toàn, không có dấu hiệu bất thường, Nhà chức trách và Cảnh sát sân bay Fukuoka đã thông báo cho phép chuyến bay VN5311 khởi hành về Hà Nội.
Tổng công ty Hàng không Việt Nam đã báo cáo Cục Hàng không Việt Nam và quyết định cho chuyến bay VN5311 khởi hành lúc 15h48 (giờ địa phương) từ sân bay Fukuoka tiếp tục hành trình về Hà Nội.
18h12 phút giờ Việt Nam, chuyến bay VN5311 đã hạ cánh an toàn xuống Cảng hàng không quốc tế Nội Bài.
Cục Hàng không Việt Nam đã chỉ đạo Tổng Công ty Hàng không Việt Nam kịp thời triển khai quy trình ứng phó khẩn nguy an ninh để xử lý vụ việc theo đúng quy định, bảo đảm an toàn cho chuyến bay.
Cục Hàng không Việt Nam cũng đã báo cáo các cơ quan có thẩm quyền để phối hợp với các Nhà chức trách liên quan của phía Nhật Bản để điều tra, làm rõ vụ việc.
Theo Cục Hàng không Việt Nam, Vietnam Airlines đã triển khai quy trình ứng phó khẩn nguy an ninh để xử lý sự việc theo đúng quy định, bảo đảm an toàn cho chuyến bay. Cục cũng báo cáo các cơ quan có thẩm quyền để phối hợp với nhà chức trách liên quan phía Nhật Bản để điều tra sự việc