Theo KTNN, tổng giá trị phần vốn nhà nước tại Vicem tăng khoảng 1.169 tỷ đồng khi xác định lại giá trị doanh nghiệp theo phương pháp tài sản. Cụ thể, giá trị tài sản Vicem thời điểm tháng 10-2018 khoảng 28.227 tỷ đồng, và giá trị vốn nhà nước khoảng 27.803 tỷ đồng. Néu áp dụng phương pháp thứ 2 là xác định giá trị Vicem theo phương pháp chiết khấu dòng cổ tức, KTNN khẳng định tổng giá trị vốn nhà nước tại Vicem đạt 25.127 tỷ đồng, tăng khoảng 1.747 tỷ đồng so với con số báo cáo của Vicem.
Theo KTNN, nguyên nhân chênh lệch cả nghìn tỷ đồng này là do khi xác định giá trị doanh nghiệp trước cổ phần hóa, Vicem bỏ quên giá trị quyền khai thác khoảng sản của một số công ty con trực thuộc. Tại thời điểm 1-10-2018, các công ty TNHH MTV thuộc Vicem được cấp 9 giấy phép khai thác khoáng sản đá vôi, đá sét để sản xuất xi măng.
Trong đó, Vicem Hoàng Thạch được cấp 4 giấy phép, Vicem Hải Phòng được cấp 3 giấy phép, Vicem Tam Điệp được cấp 2 giấy phép. Thời gian được cấp phép từ 2-30 năm tùy theo từng giấy phép. Tổng trữ lượng khoáng sản được cấp phép khai thác hàng năm khoảng 9,56 triệu tấn đá vôi, 1,91 triệu tấn đá sét.
KTNN căn cứ vào giá mua bán đá, mức thuế tài nguyên, nhân với sản lượng khai thác hàng năm theo giấy phép, giá thành khai thác khoáng sản của các đơn vị để xác định giá trị quyền khai thác các mỏ đá vôi, đá sét của các công ty con thuộc Vicem khoảng 1.193 tỷ đồng. Cụ thể, giá trị quyền khai thác các mỏ khoáng sản của Vicem Hoàng Thạch khoảng 325,8 tỉ đồng, Vicem Hải Phòng khoảng 523,6 tỉ đồng, Vicem Tam Điệp khoảng 344,4 tỉ đồng.
Trước đó, khi xác định phần vốn nhà nước tại Vicem, Công ty TNHH kiểm toán AASC chỉ căn cứ theo báo cáo tài chính - giá trị sổ sách của Vicem khi góp vốn đầu tư dài hạn vào các Công ty Xi măng Chinfon, Công ty TNHH Siam City Cement VN, Công ty Xi măng Nghi Sơn - nên chưa bảo đảm đúng giá thị trường của các khoản đầu tư. Theo KTNN, giá trị các khoản đầu tư của Vicem vào các công ty con khoảng 3.660 tỷ đồng, tăng khoảng 1.239 tỷ đồng so với kết quả kiểm toán của AASC.
Tuy nhiên, theo ông Bùi Hồng Minh, Chủ tịch HĐTV Vicem, doanh nghiệp cũng đã có ý kiến khá nhiều lần với về báo cáo này của KTNN. Đồng thời, Bộ Xây dựng và KTNN cũng tranh luận với nhau rất nhiều lần về vấn đề này.