Về phương án sắp xếp, tinh gọn bộ máy với các sở, cơ quan tương đương và đơn vị sự nghiệp thuộc UBND thành phố, UBND TP Hà Nội đề xuất tiếp tục duy trì 10 sở và tương đương, gồm: Văn phòng UBND thành phố; Thanh tra thành phố; Sở Tư pháp; Sở Văn hóa và Thể thao; Sở Giao thông vận tải; Sở Xây dựng; Sở Quy hoạch - Kiến trúc; Sở Du lịch; Sở Ngoại vụ; Trung tâm Phục vụ hành chính công thành phố.
Theo UBND TP Hà Nội, việc giữ lại 5 sở và một cơ quan tương đương do tính đặc thù và chuyên sâu của các lĩnh vực như quy hoạch đô thị và xây dựng, nhằm phát huy tiềm năng và thế mạnh của Thủ đô.
Đối với các sở giữ nguyên, Hà Nội yêu cầu tiếp tục thực hiện rà soát, sắp xếp tổ chức bộ máy bên trong đảm bảo mục đích, yêu cầu, nguyên tắc sắp xếp theo quy định.
Đối với các sở phải sắp xếp, hợp nhất lại, phương án đề xuất như sau:
Hợp nhất Sở Tài chính và Sở KHĐT thành Sở Kinh tế - Tài chính; Hợp nhất Sở TN&MT với Sở NN&PTNT thành Sở Nông nghiệp và Môi trường; Hợp nhất Sở TT&TT với Sở KH&CN thành Sở Khoa học, Công nghệ và Truyền thông; Hợp nhất Sở LĐTB&XH với Sở Nội vụ thành Sở Nội vụ và Lao động.
Không duy trì Ban Dân tộc trực thuộc UBND thành phố. Đồng thời, chuyển chức năng, nhiệm vụ, tổ chức bộ máy và biên chế của ban này về Sở Nội vụ và thực hiện kiện toàn tổ chức bộ máy bên trong cho phù hợp.
Sở Y tế tiếp nhận chức năng quản lý Nhà nước về Bảo trợ xã hội; trẻ em; phòng, chống tệ nạn xã hội từ Sở LĐ-TB&XH.
Sở GD&ĐT tiếp nhận chức năng quản lý Nhà nước về Giáo dục nghề nghiệp từ Sở LĐTB&XH.
Sở Công Thương tiếp nhận nguyên trạng Cục Quản lý thị trường địa phương từ Bộ Công Thương và tổ chức lại thành Chi cục Quản lý thị trường thuộc Sở Công Thương.
Hợp nhất Ban Quản lý các khu công nghiệp và chế xuất và Ban Quản lý khu công nghệ cao Hòa Lạc Ban Quản lý Khu công nghệ cao và Khu công nghiệp thành phố.
Giải thể Trung tâm Xúc tiến đầu tư, thương mại, du lịch TP Hà Nội, chuyển chức năng, nhiệm vụ về các cơ quan có liên quan.
Sau sắp xếp thành phố sẽ có 18 sở và cơ quan tương đương sở; theo đúng chỉ đạo định hướng tại văn bản ngày 18/12 của Ban Chỉ đạo về tổng kết thực hiện Nghị quyết số 18-NQ/TW của Chính phủ.