Ủy ban Nhân dân các tỉnh Sơn La, Hòa Bình chịu trách nhiệm toàn diện về đề xuất dừng triển khai Dự án; có phương án xử lý dứt điểm đối với các nội dung công việc đã thực hiện của Dự án trước đây, không để xảy ra tranh chấp, khiếu kiện.
Ngoài ra, các tỉnh: Sơn La, Hòa Bình có trách nhiệm phối hợp với Bộ Kế hoạch và Đầu tư, Bộ Giao thông vận tải và các cơ quan có liên quan nghiên cứu, đề xuất phương án đầu tư phù hợp với quy định của pháp luật hiện hành (trong đó có hình thức đầu tư công) để tiếp tục triển khai đầu tư tuyến đường theo quy hoạch.
Bộ Kế hoạch và Đầu tư chủ trì, phối hợp với các Bộ: Tài chính, Giao thông vận tải, Xây dựng và các cơ quan có liên quan hướng dẫn Ủy ban Nhân dân các tỉnh: Hòa Bình, Sơn La nghiên cứu, đề xuất phương án phù hợp để đầu tư tuyến cao tốc Hòa Bình-Mộc Châu theo quy hoạch, bảo đảm khả thi, kịp thời, hiệu quả, đúng quy định của pháp luật.
Theo phê duyệt chủ trương đầu tư trước đó, tuyến cao tốc Hòa Bình-Mộc Châu (tỉnh Sơn La) được đầu tư theo hình thức đối tác công tư, với tổng chiều dài toàn tuyến khoảng 85km, trong đó trên địa phận tỉnh Hòa Bình khoảng 49km (đi qua thành phố Hòa Bình, huyện Đà Bắc) và trên địa phận tỉnh Sơn La khoảng 36km (đi qua huyện Vân Hồ, huyện Mộc Châu).
Điểm đầu tại nút giao Quốc lộ 6 tại Km66 700 thuộc địa phận xã Trung Minh, thành phố Hòa Bình, tỉnh Hòa Bình (tiếp nối với dự án cao tốc Hòa Lạc-Hòa Bình); điểm cuối tại nút giao với Quốc lộ 43 thuộc địa phận bản Muống, xã Phiêng Luông, huyện Mộc Châu, tỉnh Sơn La.
Quá trình triển khai Dự án gặp một số khó khăn, vướng mắc nên Ủy ban Nhân dân tỉnh Sơn La đã trình Thủ tướng Chính phủ về việc dừng thực hiện dự án đầu tư xây dựng tuyến cao tốc Hòa Bình-Mộc Châu (tỉnh Sơn La) theo phương thức PPP và đề nghị chuyển hình thức đầu tư sang đầu tư công.