7 bệnh viện thuộc bộ bị thanh tra gồm Bệnh viện K, Bạch Mai, Chợ Rẫy, Việt Đức, Nhi trung ương, Trung ương Huế, Thống Nhất.
Đồng thời Thanh tra Chính phủ cũng kiểm tra, xác minh một số gói thầu mua sắm tại Bệnh viện Tim Hà Nội, Bệnh viện Nhân dân 115, Bệnh viện Mắt trung ương, Bệnh viện Ung bướu TPHCM…
Trong thông báo kết luận được cơ quan thanh tra chỉ ra có đến 7 vụ việc sai phạm nghiêm trọng nên chuyển sang cơ quan điều tra Bộ Công an tiếp tục xác minh làm rõ dấu hiệu sai phạm hình sự, gồm:
- Việc cấp phép nhập khẩu trang thiết bị y tế trái quy định có dấu hiệu lợi ích nhóm ở Vụ Trang thiết bị và công trình y tế tại Bộ Y tế.
- Hồ sơ về hai gói thầu đấu thầu tập trung năm 2017 tại Trung tâm Mua sắm tập trung quốc gia liên quan đến Liên danh Công ty UNI-Văn Lang.
－ Hồ sơ việc thực hiện liên doanh, liên kết đối với 11 máy liên doanh, liên kết, máy đặt tại Bệnh viện Bạch Mai.
- Thông tin việc mua sắm robot hỗ trợ phẫu thuật sọ não tại Ban quản lý dự án đầu tư xây dựng công trình văn hóa - xã hội TP Hà Nội.
- Thông tin việc mua sắm thiết bị, vật tư y tế liên quan hơn mười gói thầu năm 2018, 2019 tại Bệnh viện Tim Hà Nội.
- Việc thực hiện gói thầu "Cung cấp và lắp đặt hệ thống xạ trị…" của Bệnh viện Ung bướu TPHCM.
- Việc đấu thầu mua sắm thiết bị đối với 2 gói thầu cung cấp lắp đặt thiết bị xạ trị tại Bệnh viện K.
Bên cạnh đó Thanh tra Chính phủ cũng kết luận tại các đơn vị trên để xảy ra nhiều bất cập trong việc sử dụng quỹ bảo hiểm y tế, vẫn có hiện tượng "đầu tư thiết bị y tế dàn trải".
Cơ quan thanh tra cho rằng trách nhiệm để xảy ra những sai phạm trong việc mua sắm thiết bị y tế trên thuộc lãnh đạo Bộ Y tế được giao phụ trách lĩnh vực này thời kỳ 2014-2018, các đơn vị, cá nhân khác của bộ có liên quan.
Trách nhiệm trong việc quản lý sử dụng quỹ bảo hiểm y tế của Bảo hiểm xã hội Việt Nam thuộc lãnh đạo phụ trách lĩnh vực của cơ quan này cũng trong thời kỳ 2014-2018.
Thanh tra Chính phủ kiến nghị Bộ Y tế, Bảo hiểm xã hội Việt Nam, UBND TPHCM và Hà Nội tổ chức kiểm điểm trách nhiệm và xử lý nghiêm theo quy định pháp luật với các tổ chức, cá nhân có sai phạm được nêu trong kết luận.