Năm 2021, VUSTA đã xây dựng kế hoạch làm việc của Đoàn công tác liên ngành tại 15 tổ chức trực thuộc, trong đó có 13 tổ chức tại Hà Nội và 2 tổ chức tại TPHCM cùng 3 địa bàn triển khai dự án của tổ chức tại các khu vực từ miền Bắc, miền Trung và miền Nam. Đây là các tổ chức đã tiếp nhận và triển khai nhiều chương trình, dự án viện trợ nước ngoài trong những năm vừa qua hoặc đã triển khai dự án lớn từ các đối tác phát triển song phương, các cơ quan của Liên Hợp Quốc.
Nội dung của Đoàn công tác liên ngành dự kiến tập trung làm việc với các tổ chức tại 4 nhóm nội dung chính gồm công tác tuân thủ các quy định liên quan của nhà nước trong việc phê duyệt các hoạt động hợp tác quốc tế; Công tác triển khai, tiến độ thực hiện và nội dung các hoạt động hợp tác quốc tế theo đúng văn kiện đã được phê duyệt; Công tác quản lý tài chính đối với các hoạt động hợp tác quốc tế và Công tác Quản lý tổ chức, hành chính và nhân sự của tổ chức.