Theo Kết luận thanh tra công tác quản lý tài chính, tài sản công, thực hiện các dự án đầu tư; tổ chức hợp tác nghiên cứu, đào tạo, liên kết đào tạo và cấp bằng thạc sĩ, tiến sĩ của Viện Hàn lâm Khoa học xã hội Việt Nam giai đoạn 2015-2019 của Thanh tra Chính phủ, Bảo tàng Dân tộc học cùng với Văn phòng, Nhà xuất bản Khoa học xã hội đã cho các tổ chức, cá nhân thuê cơ sở, nhà, đất và liên doanh, liên kết trong thời gian dài nhưng không lập đề án sử dụng tài sản công vào mục đích kinh doanh, cho thuê; không thực hiện đấu giá, không thực hiện trích khấu hao tài sản; không thông báo công khai giá cho thuê, vi phạm quy định của Luật Quản lý, sử dụng tài sản công.
Bảo tàng Dân tộc học thành lập Ban quản lý các dự án không đủ năng lực quản trị dự án; không đăng tải kế hoạch lựa chọn nhà thầu, kết quả lựa chọn nhà thầu; hồ sơ mời thầu yêu cầu rõ về tiêu chuẩn kỹ thuật của thiết bị được mời thầu, nêu rõ hàng hóa phải có giấy phép của hãng sản xuất không đúng quy định của Luật Đấu thầu và chỉ thị của Thủ tướng Chính phủ về đấu thầu.
Bên cạnh đó, việc quản lý dự án còn nhiều yếu kém, dẫn đến trong quá trình thực hiện phải thay đổi model, xuất xứ so với hợp đồng; thành lập tổ giám sát dự án đầu tư không đúng quy định của Luật Đấu thầu.
Thanh tra Chính phủ kết luận, Giám đốc Bảo tàng Dân tộc học với trách nhiệm trong việc quản lý, cho thuê nhà đất không đúng quy định của Luật Quản lý, sử dụng tài sản công. Quản lý, thực hiện các dự án tăng cường năng lực còn yếu kém. Kê khai, nộp không đầy đủ các loại thuế theo quy định trên 1,11 tỷ đồng.